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As linhas de pesquisa do Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação da Universidade Federal de Jataí (PPGCC/UFJ) refletem o compromisso com o avanço científico e tecnológico, unindo teoria, prática e inovação. O PPGCC/UFJ está estruturado em duas linhas de pesquisa complementares, que integram teoria e aplicação:
1. Sistemas e Fundamentos de Computação
Foco:
- 
Investiga problemas relacionados a:
- 
Redes de Computadores
 - 
Sistemas Distribuídos e Paralelos
 - 
Sistemas de Banco de Dados
 - 
Computação em Nuvem
 - 
Inteligência Artificial
 - 
Fundamentos teóricos de algoritmos e modelagem de problemas
 
 - 
 
Objetivo:
Esta linha de pesquisa busca formar uma base sólida de conhecimento técnico e teórico que permita aos alunos e pesquisadores entender, modelar e resolver problemas complexos de computação, além de oferecer suporte à formação teórica dos discentes nos cursos relacionados à área.
Estão presentes nesta área os seguintes docentes:
2. Metodologias e Técnicas de Computação
Foco:
- Desenvolvimento e uso de metodologias, técnicas e ferramentas para:
- Engenharia de Software
 - 
Computação Gráfica
 - 
Jogos Digitais
 - 
Informática na Educação
 - 
Outras áreas aplicadas
 
 
Objetivo:
Criar e aplicar tecnologias computacionais para resolver problemas em diversas áreas e aprimorar o desenvolvimento da ciência da computação.
Estão presentes nesta área os seguintes docentes:
- Prof.ª Dra. Ana Carolina Gondim Inocêncio
 - Prof.ª Dra. Ana Paula Freitas Vilela Boaventura
 - Prof.ª Dra. Ariadne de Andrade Costa
 - Prof.ª Dra. Franciny Medeiros Barreto
 - Prof.ª Dra. Joslaine Jeske de Freitas
 - Prof. Dr. Marcos Wagner de Souza Ribeiro
 - Prof. Dr. Ricardo Cerri
 - Prof. Dr. Neumar Costa Malheiros
 - Prof. Dr. Iwens Gervásio Sene Júnior
 
Grupos de Pesquisa:
- VR e AR Group (Realidade Virtual e Aumentada) – foco em ambientes virtuais e jogos.
 - GP&D-JD (Grupo de Pesquisa e Desenvolvimento em Jogos Digitais) – foco em gamificação e software educacional.
 - ForMeS (Formal Methods Studies) – foco em métodos formais e modelagem de sistemas.
 
    